总建筑面积30963平方米，其中地上面积24996平方米，地下建筑面积5967平方米。本建筑地上三层（含夹层为6层），地下一层。总体建筑方案寓意绍兴"水上明珠"之含义。

　　新馆建设过程中本着建筑设计与内容设计同步，建筑和内容设计为管理运行服务的原则，充分借鉴吸收并运用现代高新技术发展成果、低碳节能环保发展趋势、上海世博会布展的理念、设计和技术，把绍兴科技馆建成为服务青少年为重点的全民科普教育的主战场，服务高端智力人才推动绍兴产业转型升级的主阵地。绍兴科技馆主要功能为科普展览、科技教育、科学实践、学术交流和科技展示等。绍兴科技馆平面功能设计为南北两区，其中北区为彩虹儿童乐园和科普影院区；南区为临时展厅、常设展厅、教育培训、学术交流和行政办公用房。